Abra o terminal e digite

~$ cd /usr/share/backgrounds/contest

Dentro dessa pasta abra o arquivo "quantal.xml" no gedit

~$ cd /usr/share/backgrounds/contest sudo gedit quantal.xml

Se você perceber, esse é o arquivo que faz a transição de imagens dos papeis de parede padrão do Ubuntu, sim aquela que aparece com um símbolo de relógio quando você abre a opção de Aparência do Ubuntu.
Agora, a única coisa a se fazer é editar o arquivo e trocar os endereços das imagens do arquivo pelos endereços das imagens que você quer, veja o exemplo que fiz com apenas 3 imagens:

<background>
<starttime>
<year>2009</year>
<month>08</month>
<day>04</day>
<hour>00</hour>
<minute>00</minute>
<second>00</second>
</starttime>
<!– This animation will start at midnight. –>
<static>
<duration>1795.0</duration>
<file>/home/hudson/Imagens/2.jpg</file>
</static>
<transition>
<duration>5.0</duration>
<from>/home/hudson/Imagens/2.jpg</from>
<to>/home/hudson/Imagens/94.jpg</to>
</transition>
<static>
<duration>1795.0</duration>
<file>/home/hudson/Imagens/94.jpg</file>
</static>
<transition>
<duration>5.0</duration>
<from>/home/hudson/Imagens/94.jpg</from>
<to>/home/hudson/Imagens/159.jpg</to>
</transition>
<static>
<duration>1795.0</duration>
<file>/home/hudson/Imagens/159.jpg</file>
</static>
<transition>
<duration>5.0</duration>
<from>/home/hudson/Imagens/159.jpg</from>
<to>/home/hudson/Imagens/2.jpg</to>
</transition>
</background>

Lembre que sempre a ultima transição deve apontar para a primeira imagem, caso contrario o script só vai reproduzir uma vez.