Ocorre do usuário acidentalmente ou algum programa modificar as permissões (CHMOD) de pastas/arquivos, e surge a necessidade de restaurar as permissões que foram alteradas.
No OS X há a opção "Reparar Permissões do Disco" no aplicativo "Utilitário de Disco" (https://support.apple.com/pt-br/HT201560). A partir da versão El Capitan, as permissões dos arquivos do sistema são automaticamente protegidos.
No Linux existe opção semelhante?