Há tempos procurava um bom emulador para nes, até que encontrei um que emula não só nes, mas um monte de videogames antigos, e os emula muito bem ! Esse emulador é o Mednafen .
http://mednafen.sourceforge.net/
Esse emulador se encontra nos repositórios do debian, e de algumas outras distribuições também, portanto é só abrir o synaptic e procurar por mednafen, entretanto pelo menos no debian a versão disponibilizada não é a mais recente, e não emula todos os consoles listados na página do projeto, mas já emula muita coisa.
O eulador é muito bom, tem suporte para saves, joystick, e dá até pra jogar online (nunca testei essa função, não sei como, nem se funciona rs).
O emulador não possui interface gráfica, até dá para baixar uma interface em gtk (que não funciona na versão mais recente), entretanto isso não é necessário visto que é ridiculamente fácil usar o programa pela linha de comando, apenas digite: mednafen caminhodoarquivoquevcvaiabrir , o emulador reconhece automáticamente a plataforma e executa o jogo.
Para configurar os controles, é só apertar (com o jogo aberto) Alt + shift + 1 para o controle 1 (para o 2 é só trocar o número 1 por um 2 ).
Se você está usando um pc muito antigo e que se dá muito mal com opengl (meu caso rs), vá no arquivo de configuração (ctrl+h na pasta home/.mednafen/mednafen.cfg) procure por: ;Select video driver, "opengl" or "sdl". , e na linha subsequente substitua opengl por sdl, de um ctrl+s e seja feliz (ou não rs) .
The Legend of Zelda (Nes,1986/ mto bom )