Primeiro, ele não se auto-escondia. Depois que consegui resolver isso, ele ficava auto-escondido para sempre. Então encontrei este site:
Algumas semanas atrás a Canonical comunicou que o comportamento de esconder a barra do Unity ao abrir janelas seria removido, deixando a barra sempre visível.
Muitas pessoas gostaram da novidade e principalmente alegaram que seria muito mais fácil a interação com novos usuários. Porém se você não foi um destes que gostou da novidade, vamos aprender a alterar este comportamento, deixando a barra do Ubuntu 12.04 idêntica a do Ubuntu 11.10: “brincando de esconde-esconde”.
O primeiro passo é baixar e instalar este pacote .deb (após o download, clique com o botão direito no pacote e clique em “Abrir com a Central de Programas”, e proceda a instalação).
Após a instalação ocorrer com sucesso, abra um terminal e execute o comando abaixo:unity-dodge-windows
Deslogue da sua sessão e entre novamente para conferir as alterações. Se por acaso você quiser deixar o Ubuntu 12.04 da forma que ele é, execute:sudo apt-get remove unity-dodge-windows
Fonte: Diolinux