Toda a gestão gráfica é feita pelos drivers open-source do Kernel Linux!
Vais às Definições de Sistema, aba Ecrãs e é aí que defines as opções para trabalhar com os dois monitores!
Muda as Resoluções se necessário!! Não as ponhas no máximo de cada um!!!
Aconselho-te também a mudar uma linha num ficheiro de configuração que tem dado alguns problemas (quando não mudada), com dois monitores e saídas VGA+HDMI.
Para tal, executa este comando no terminal:
insere a password e ENTER
Vai abrir um ficheiro (pequeno) e encontra esta linha:
GRUB_GFXMODE="" (esteja ela assim ou com outro valor depois do =!!!!)
E muda-a para:
GRUB_GFXMODE="640x480"
Grava as alterações e reinicia o PC.
Vê se os dois monitores já funcionam de forma correcta.
Se queres as Nvidia Settings, tens que instalar os Drivers Proprietários da Nvidia.
Ou uns ou outros! Percebes?
Cumps.