Tive problemas com os menus da IDE eclipse no ubuntu 13.10, eles não funcionavam.
Resolvi o problema fazendo as alterações no atalho
adicionei o seguinte trecho em Exec -> env UBUNTU_MENUPROXY= veja abaixo os dois exemplos
para abrir o atalho -> sudo gedit /usr/share/applications/eclipse.desktop
Sem o munu funcionar
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Eclipse
Comment=Eclipse IDE
Exec=eclipse
Icon=/opt/eclipse/icon.xpm
Terminal=false
Type=Application
Categories=GNOME;Application;Development;
StartupNotify=true
menu funcionando
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Eclipse
Comment=Eclipse IDE
Exec=env UBUNTU_MENUPROXY= eclipse
Icon=/opt/eclipse/icon.xpm
Terminal=false
Type=Application
Categories=GNOME;Application;Development;
StartupNotify=true