Boas
@Ricardo, em principio não existe nenhumproblema de a pasta ter ficado na lixeira.
Isso aconteceu-me uma vez faz uns anos
.
Depois de reiniciar o PC, a pasta desapareceu de vez.
Vê se acontece o mesmo contigo.
Mas, para futuras referências, não utilizes o comando
sudo nautilus para aceder como root ao gestor de ficheiros, mas sim o comando
gksu nautilus.
Se não tiveres esse pacote instalado, no terminal:
sudo apt-get install gksu
É uma maneira mais segura de adquirir previlégios de administrador para gerir o nautilus ou o gedit, sem recorrer ao comando de super utilizador.
Também é de ter em conta, que a maneira apropriada de remover uma pasta ou um ficheiro, deverá ser feita com o comando
rm.
No teu caso, seria uma coisa deste género:
sudo rm -rf /caminho/para/a/pasta
Para mais informações sobre o comando
rm, faz uma pesquisa pela "net", ou no terminal:
Se o ficheiro não desaparecer depois de reiniciares, executa este comando no terminal e verifica se a pasta já desapareceu finalmente:
Aguardo.