Eu diria que isto pode ser um caso em que na Pasta Pessoal talvez tenha lá uma pasta, na pasta ~/.icons com o mesmo nome mas com algo que não faz funcionar. Sugiro que apague portanto essa pasta se existir e reinicie o sistema e tente mudar depois os ícones com o Gnome-Tweak-Tool ou outro programa que prefira alterar os ícones.
Digo isto pois as configurações que normalmente estão na Pasta Pessoal têm maior prioridade que as configurações em /usr/ Isto ocorre como uma forma de abstração em camadas com prioridades. Eu acho isto muito útil pois assim tem-se configurações default e depois temos configurações pessoais caso o utilizador queira.
Se tem a pasta direita em /usr/ eu diria que o problema pode estar mesmo na Pasta Pessoal!