Bom, sobre o gnome-shell e o unity ao mesmo tempo, efetivamente existe algumas incompatibilidades que com o tempo começam a ficar vais evidenciadas. Não sei que motivos são nem sei se é propositado de alguma das partes. O que é facto é que o Unity usa o trabalho do Gnome, portanto as correções deviam ser feitas do lado da Canonical, autora do Unity.
Aparte disso, visto que já está resolvido, ótimo. É que eu não saberia como resolver.
Quanto ao firefox, efetivamente eu não experimentei no unity, por isso não posso ter a certeza na resposta. Em todo o caso, quando eu chegar a casa irei testar e irei dar o feedback necessário. Mesmo assim, desde já acho que isso deve ser apenas uma questão de alteração do tema para evidenciar as abas. Atualmente o tema que você tem instalado no Firefox (se seguiu a minha recomendação) vai ao tema do Ubuntu buscar as cores e se calhar o tema do Ubuntu não evidencia a cor que o tema do firefox vai buscar.
Por isso, antes até de eu chegar a casa (só daqui a umas horas), desde já o convido a experimentar um outro tema do Ubuntu só para ter a certeza se será isso ou não.