Olá Rhyu,
Depende muito das circunstâncias. Por exemplo se você tiver uma ligação bridged, significa que a máquina virtual terá um IP diferente (em princípio!) e portanto as comunicações que fizerem externas serão feitas "diretamente" (isto porque inevitavelmente passa pelo windows), ou seja, se houver algum ataque este passará na "ponte do Windows" e será direcionado ao servidor virtual Linux. E aí sim poderá utilizar alguma técnica que evite o DDOS (que existe claro).
Em todo o caso, isto na informática em termos de hacking, nunca é garantido, mas em teoria, sim, neste caso poderia utilizar o iptables para realizar tal defesa.
No caso de utilizar um sistema NAT, então o IP é exatamente o mesmo que o da máquina física (do Windows) e portanto qualquer ataque que seja feito ao servidor é feito primeiro ao windows que redireciona depois para a máquina virtual, podendo portanto levar com uma carga substancial.
Em todo o caso, essa carga continua a existir no primeiro caso uma vez que o ataque é rejeitado ao chegar ao Servidor, mas antes ele passa pelo windows não sendo rejeitado caso o Windows não tenha primitivas de defesa.
Em suma, acho estranho criar um servidor Linux em cima dum sistema Windows. Muito estranho mesmo
É que o inverso admitiria, pois o linux estaria a assegurar uma quantidade considerável de proteções ao Windows que estaria virtualizado. Agora assim, acho estranho. É quase como ter um castelo dentro de um poço em que qualquer pode atacar lá de cima!