Pessoal, para quem está tendo problema com a janela sobreposta do unity. Para resolver é relativamente simples, basta abrir as configurações do compiz pelo unity ou pelo terminal digitando ccsm.
Com o compiz aberto, localize a opção "copy to texture" e habilite-a. Só isso.
Simples, não?
edit: O engraçado é que toda vez que reinicio o notebook, tenho que fazer o mesmo procedimento. Se estiver ativado tenho que desativar, se estiver desativado tenho que ativa.
vai entender.