Na verdade o que acontece não é culpa do Zeitgeist ou o Nepokuk (ou lá como se escreve

Basicamente o que acontece é isto. Ou seja, não não é o zeitgeist que manda os outros programas serem removidos. Os outros programas é que dizem ao sistema que não conseguem viver sem ele. Provavelmente é um desenvolvimento errado.
Na verdade esses programas deviam ter módulos adicionais que utilizavam o Zeitgeist. Assim, ao remover-se o Zeitgeist, seriam removidos apenas os módulos adicionais relativos a ele e a aplicação continuaria a funcionar mas sem as funcionalidades respetivas.
Claro está que isto é um desenvolvimento bastante mais complexo, ou melhor, desenvolvimento que exige um planeamento inicial bastante sóbrio e pensado nestes pormenores. Possivelmente por causa disso, esses programas não têm essa forma estruturada de funcionar.
Querem um exemplo de software que funciona assim? Reparem o Unity, ele é constituido por várias lentes. Se eu remover uma lente o Unity não é removido, mas essa funcionalidade desaparece. Há lentes que usam scopes (bibliotecas que retornam informação para a lente), então se se remover uma dessas scopes, provavelmente as lentes associadas serão removidas, mas o Unity continua a funcionar perfeitamente. Se fosse mal desenvolvido, ou seja se o unity tivesse as dependências das scopes, ao removê-las seriam removidas lentes e Unity.