Desculpe discordar Xterminator, mas utilizar a Central de Software do Ubuntu e o Apt-Get não tem qualquer incompatibilidade. Aliás a central utiliza o Apt-Get, portanto a dizer o que você disse então eu também posso dizer que o apt-get é incompatível com ele mesmo!
Mas isso é óbvio! Uma das características da estruturação Debian é exatamente não deixar que haja dois programas (nem que seja duas instâncias do mesmo) a instalar a instalar dois programas ao mesmo tempo. Obviamente que isso podia gerar conflitos e por isso mesmo existe exclusão mútua, ou seja, utilização de locks (aquilo que o Rafael teve de apagar).
Em suma, pode-se utilizar os programas que bem entender para instalar outros programas, desde que claro sejam debian based. Quer isto dizer que pode usar quando quiser a Central de programas do Ubuntu, bem como o Apt-Get ou o Synaptic ou até o apt-fast! Vai dar tudo ao mesmo! A única coisa que não pode fazer é utilizar dois programas desses no exato momento pois só um irá ganhar prioridade (a tal exclusão mútua que pode ser facilmente encontrada na wikipedia por exemplo).
Entretanto, Rafael, já executou o que o apt-get lhe pediu? O que acontece ao executar o tal comando transcrito aqui em baixo?
Tal como Xterminator disse, sugiro que nunca utilize o Root a não ser para casos muito específicos. Utilize a conta normal, a do seu utilizador ativo, e para executar comandos root, apenas precisa de pôr o "sudo" tal como mostrei neste comando anterior!