Tá viajando Jeferson
Um programa deve estar sempre nos locais padronizados exatamente para ficarem previsíveis. Não só previsíveis para manutenção mas também para quando houver algum software menos confiável se possa o identificar o que anda a fazer.
Bom, isto das padronizações só se tem a ganhar e são muitas as vantagens. Mas avante. O que quero dizer é: espero que com a valve por exemplo, toda esta mania do windows de escolher onde instalar os programas não volte! É que não só isso é um problema de "despadronização" e de falta de segurança, como é mais um passo que não quer fazer ao instalar um programa.
Sobre a segurança de um programa? Nada disso, até pelo contrário! Um programa que esteja nas zonas de root (vamos chamar assim) não significa que ele tenha poderes de root. Aliás, você abre os programas que quiser e nenhum faz nada ao sistema, por exemplo, tente guardar um ficheiro na pasta /usr, com o LibreOffice. Não vai conseguir! Precisava de poderes administrativos, coisa que ele não tem apesar de estar na pasta /usr/share ou algo do género.
Para ter permissões administrativas, inevitavelmente ele tem de as pedir e isso tanto pode estar guardado nas zonas root ou não! Só assim é que um programa tem esses poderes, não há hipótese.
E entretanto, o facto de um programa estar em zonas root garante que ninguém o altera a não ser VOCÊ que sabe a palavra passe do seu sistema. Assim, nenhum virus pode "auto-motar-se" (se bem que se usar uma combinação com a /home consegue claro), e nenhum programa pode alterar outro, o que é a maior valorização que o Linux tem para com o Windows. Enquanto que no Windows volta e meia se vê antivirus a ficarem desabilitados, Firewalls a serem abertas, AntiVirus a terem comportamentos naturais apesar da existência de virus, no caso do Linux isso é impossível pois para alterar esses programas é necessário escrever previamente a palavra pass. Compreendeu?
Portanto, quanto mais padronizado for melhor, principalmente porque a padronização do Linux é extremamente boa (não perfeita, mas muito boa!).