Bom, então no arranque do Ubuntu apenas teria de fazer isso mesmo! No entanto, o Conky foi construído para mostrar informações no X (não me vou alargar muito nisto), por isso dá alguns problemas ao arrancar assim diretamente. Então a solução é pôr um temporizador e pô-lo a arrancar com algum atraso em relação à iniciação do Ubuntu, algo deste género:
Ou seja, espera 40 segundos e depois arranca com o conky. Tudo isto é explicado neste artigo, na secção "Adicionar o Conky ao arranque do Sistema":
Sobre a configuração, não ponha o tal ficheiro conkyrc na pasta etc! Simplesmente pegue na configuração que você tiver e ponha-a num ficheiro exatamente com o nome ".conkyrc" na sua pasta pessoal! (crie-o se necessário)
Caso nâo queira utilizar esse nome, então, para arrancar o conky com esse ficheiro em vez fazer o que faria no primeiro comando desta minha resposta, fazia:
Em que nome-do-ficheiro, pode ser o que você quiser desde que seja uma configuração do conky!