Nesta versão do Ubuntu, o Raring Ringtail - 13.04, infelizmente os desenvolvedores da Canonical removeram os ícones do "tray", em formato legacy, mas ainda temos algumas aplicações que precisam deste "modo legacy" para funcionar corretamente. Então esta é uma dica para quem enfrentou este problema, como eu.
É muito simples de resolver isso, basta adicionar este PPA, atualizar o sistema e mudar uma entrada usando o Dconf-editor. Veja os passos:
Adicione o repositório e atualize o sistema:
Modifique a entrada whitelist usando o Dconf-editor:
1 - digite no dash "dconf", então abra-o;
2 - navegue até com -> canonical -> unity -> panel e mude o valor da entrada systray-whitelist para ['all'].
5 - Reinicie o sistema.
Pronto, quando você abrir sua aplicação irá aparecer corretamente no systray do ubuntu 13.04. Esta é uma dica que existe a algum tempo, mas que para esta versão do ubuntu não era possível. Claro que o ideal é o desenvolvedor do seu aplicativo atualizá-lo para trabalhar usando o systray original do Ubuntu, mas por enquanto vamos usar este "jeitinho brasileiro", rsrsr.
OBS: peço desculpas se tem algo errado, é meu primeiro post aqui no forum, espero que ajude a outros.