Bom demorar alguns segundos (talvez um ou dois minutos) é perfeitamente natural! Mais que isso, poderá ser duas coisas: ou você hibernou o windows (se existir claro) e o disco ficou num estado diferente do "desligado"; ou então o disco poderá estar de alguma forma corrompido.
Será algum desses pontos? Uma outra coisa que você tem de ter em conta é que nunca deve usar o Gparted com o seu próprio Ubuntu. Use sempre o LiveCD ou LivePenDrive. Pelo que li você está fazendo isso mesmo, mas nunca é de mais avisar este pormenor.
Já agora, se me puder enviar uma imagem do que está a acontecer, seria importante! Uma outra coisa: experimentou deixar 10 ou 15 minutos a ver se ele passa a funcionar?
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EDIT:
A sugestão do Luís também é muito pertinente pois se houver algum erro, ele será apresentado no terminal. Não me parece que vá mostrar pois você diz que ele fica parado a tentar resolver o problema, mas é também uma possível solução, sim!