Normalmente, bons pacotes (coisa que infelizmente ultimamente não tenho visto muito) têm uma vertente de desinstalar super abrangente, em que são apagados todos os ficheiros de configuração. Essa vertente é depois utilizada na remoção pelo apt-get usando a flag
purge. O problema é que muitos programadores não incluem informação para apagar esses dados (inclusive até eu com o
indicador do Forum do Ubuntued).
Em todo o caso é uma questão de ir à Pasta Pessoal e apagar as pastas ocultas de aplicações que já não interessam.
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Em todo o caso, em termos de programas o
Ubuntu Tweak faz algumas coisas interessantes, nomeadamente apagar pacotes desnecessários e limpar caches. Existe também o Bleachbit, mas não tenho muito contacto com ele:
sudo apt-get install -y bleachbit
Quanto ao Firebug, já li uma vez que era das extensões mais pesadas que o Firefox tem (das conhecidas claro). Por isso essa queixa pode estar muito relacionada com ele.