Há uma solução mais simples Luís! Basicamente o procedimento é o seguinte e por isso é que eu pedi ao @izortea para fazer a pergunta aqui no Fórum.
Como atrasar o arranque de uma aplicação
Normalmente quando adicionamos uma aplicação ao arranque do Ubuntu,
através do gestor de "Aplicativos de Sessão", são criados ficheiros de arranque na pasta seguinte (o til significa Pasta Pessoal):
Assim, se você visitarem esta pasta (ver imagem ao lado) irão reparar que cada programa que arranca com o Ubuntu tem um ficheiro nessa pasta. Esse ficheiro não é mais que um atalho que permite arrancar com as aplicações. E por isso se se apagarem estes atalhos o arranque do Ubuntu não irá incluir os respetivos programas.
Mas então, como atrasar o arranque desses programas? Muito simples, cada atalho tem várias características (abram o atalho com o Gedit -- Editor de texto), nomeadamente a definição do ícone, o executável, se realmente arranca ou não com o sistema (o facto de o atalho estar nesta pasta pode não significar que ele irá arrancar com o sistema, aliás se tirar o visto do programa
"Aplicativos de Sessão" o atalho mantém-se na pasta mas não arranca) e também tem a característica de acrescentar delay (atraso) ao arranque do programa.
Essa característica, é a seguinte opção (que neste caso tem 30 segundos de atraso):
X-GNOME-Autostart-Delay=30
Se vocês quiserem ver um exemplo real onde estas características são usadas, instalem o
Indicador do Fórum do Ubuntued, visitem esta pasta dos programas de arranque e abram o atalho do Indicador do Forum do Ubuntued. Vocês irão reparar que o atalho é muito semelhante ao da imagem ao lado.