O ideal é você ter um estrutura de particionamento da seguinte maneira sendo que o Windows está ali por necessidade de cada um, mas é opcional:
- [Windows][Ubuntu][/home][/swap]
Com isto você terá os programas do Ubuntu na partição Ubuntu e os seus dados guardados na /home, ou seja, o normal, que é na sua pasta pessoal. Assim, quando formatar o Ubuntu, apenas formata a partição Ubuntu e a /home mantém-se intacta. Eu fiz um artigo sobre isso que recomendo vivamente a ver:
Este artigo que apresentei acima já está a supor que você tenha essa estrutura. Se ainda não a tem, na minha opinião deve tê-la o quanto antes! Como a ter? Eu fiz um outro artigo que também explica todos os pormenores relativos a essa matéria:
Agora relativamente à sua dúvida em concreto. Bem se você tem tudo numa só partição a minha opinião, não teórica mas por experiência é a seguinte: grave os seus arquivos num local seguro (disco externo por exemplo) e só depois altere as partições.
Apesar de ser possível redimensionar sem perder dados, isto é um processo que tem sempre um risco considerável associado. Eu diria que para discos com 50% ocupados esse risco deve rondar os 50%; mas para discos com 80% ocupados se calhar o risco é 90%. Quer isto dizer que você a qualquer momento pode perder algo importante. Não irá perder tudo (a não ser que ocorra algum bug) mas poderá perder um ou outro ficheiro.
Por isso a minha recomendação é: faça um backup num outro lugar e depois formate o disco! Assim vai começar tudo de novo, tudo limpo. E não se esqueça crie uma estrutura em que separa a home do UBuntu!