Wisen, tenha em atenção que o Compiz toda a gente tem instalado caso esteja a utilizar o Unity.
O CCSM não é mais que um programa que ajuda a mudar as opções do Compiz. Tenha ou não o CCSM, tenha mudado opções ou não com o CCSM, o Compiz mantém-se instalado pois este é a aplicação que produz os efeitos no ubuntu, nomeadamente o próprio Unity.
Sobre CCSM, efetivamente quem andar a experimentar valores vai-se dar mal pois desde que o unity veio para o Ubuntu que a instabilidade do compiz é algo normal. Portanto eu só recomendo mudar os valores do CCSM apenas quando esses valores são confirmados que funcionem. Há sites de referência que vocês podem confiar, nomeadamente no Ubuntued, repare nestes artigos:
Sobre desinstalar o CCSM ou não, vai dar ao mesmo ter ou não esse programa instalado. Isto ocorre pois ele só é uma interface que permite mudar valores que já lá estavam antes de ele ser instalado. Outros programas? Existe o MyUnity e o Ubuntu-Tweak, mas ambos mudam os mesmos valores que o CCSM, mas se calhar estes dois últimos mudam valores menos propícios a erros. Links sobre eles: