Sobre a barra no fundo, já houve alguns patches e a Canonical nunca aceitou.
Entretanto, como não aceitou os programadores não atualizaram os patches para as novas versões do Ubuntu. Veja um patch muito bom, mas que foi descontinuado visto que a Canonical não aceita nada da Comunidade, ou quase nada:
Relativamente ao histórico, basicamente você pode apagar na secção "Aparência" das Definições do Sistema. Se não quer histórico, simplesmente desligue o ZeitGeist!
Quanto a aparência do Unity, há muita coisa que pode ser mudada, mas claro está de forma manual pois a Canonical parece mais uma empresa fechada que outra coisa qualquer. Para mudar os aspetos visuais do UNity, basicamente é necessário mudar as imagens da pasta seguinte que depende de cada versão do Ubuntu. Por exemplo, na imagem, a pasta tem o valor "5", pois é o Unity 5 do Ubuntu 12.04. No entanto no Ubuntu 12.10, como é o unity 6, a pasta chama-se "6":
Relativamente aos Programas, o Ubuntu-Tweak, o MyUnity (que acho que ainda não funciona no Ubuntu 12.10) e o Sistema de Configuração do Compiz são os mais conhecidos:
Não esquecer que mais uma vez a CanoniTROLL não disponibiliza nenhuma aplicação para trocar o tema de ícones e de janelas, sendo necessário instalar uma aplicação adicional que basicamente pertence ao Gnome-Shell: O Gnome-Tweak-Tool: